1936年

　　4月9日夜，和张学良会谈，达成停止内战、一致抗日的共识。12月，西安事变发生后，任中共代表到西安和张学良、杨虎城一起迫使蒋介石同意停止内战、一致抗日。

1937年

　　代表中国共产党在西安、杭州、庐山、上海、南京等地同国民党、蒋介石谈判，促成抗日民族统一战线的建立。7月，起草《中共中央为公布国共合作宣言》。9月，到山西开展华北的抗日民族统一战线工作和对日作战工作。12月，率中共中央代表团到武汉，为中共中央长江局领导成员。

1938年

　　参与领导长江局所属地区中国共产党的工作，推动国民党统治区抗日民族统一战线的组建和发展。3月，任国民政府军事委员会政治部中将副部长。9月，参加中共六届六中全会。12月到重庆。

1939年

　　1月，中共中央南方局成立，任书记，领导南方各省中国共产党的工作，推动国民党统治区抗日民族统一战线的巩固和发展。2月，到皖南新四军军部，传达中共六届六中全会精神，确定新四军的发展方向和战略、方针、任务等。3月，回祖籍绍兴，并指导浙江等省中共地下党工作。6月返延安。7月，因坠马右臂骨折。8月，赴苏联就医。

1940年

　　3月，回到延安。5月，到重庆继续主持中共南方局工作。

1941年

　　1月，皖南事变发生。国民党封锁消息，周恩来为《新华日报》书写题词和诗：“为江南死国难者志哀”和“千古奇冤，江南一叶，同室操戈，相煎何急！？”向国民党当局提出严正抗议，并在中共南方局内部署应变措施。

1942年

　　组织中共南方局干部参加整风学习。

1943年

　　为配合整风教育，多次召开中共南方局、八路军重庆办事处和新华日报馆党员干部会议，讲述中共党史。7月，回延安参加整风学习和中共七大筹备工作。

1944年

　　5月，出席中共六届七中全会，为主席团成员。10月，在延安各界举行的双十节庆祝会上发表《如何解决》的演说，指出挽救当前国内危机的唯一正确方案是召开紧急国是会议，取消一党专政，成立联合政府。11月，赴重庆同国民党谈判。12月，回延安。

1945年

　　1月，再到重庆谈判。2月，回延安。4至6月，参加中国共产党第七次全国代表大会，在会上作《论统一战线》的发言，当选为中央委员。在七届一中全会上当选为中央政治局委员、书记处书记。仍任中央军委副主席。8月，日本宣布投降后，和毛泽东、王若飞代表中国共产党赴重庆同国民党进行和平谈判。10月10日，和王若飞代表中国共产党在《会谈纪要》上签字。